(१) आयोगको काम, कर्तव्य र अधिकार देहाय बमोजिम हुनेछः–
(क) विश्वविद्यालय स्थापना गर्ने सम्बन्धमा नेपाल सरकारलाई परामर्श दिने ।
(ख) विभिन्न क्षेत्रबाट प्राप्त अनुदानको रकम विश्वविद्यालयहरुलाई प्रदान गर्ने सम्बन्धमा नीति निर्धारण गर्ने ।
(ग) विश्वविद्यालयहरुलाई अनुदान दिने तथा थप अनुदान माग गर्ने विश्वविद्यालयहरुको लागि सम्बन्धित निकायहरुमा सिफारिश गर्ने ।
(घ) विश्वविद्यालयहरुमा सञ्चालन गरिने शैक्षिक कार्यक्रम स्तरयुक्त बनाउन विश्वविद्यालयहरु बीच समन्वय कायम गराउने ।
(ङ) शैक्षिक स्तर बृद्धिका लागि उपयुक्त कार्यक्रम तर्जुमा गर्ने ।
(च) विश्वविद्यालयहरुमा उपयुक्त शैक्षिक स्तर निर्धारण गराउने सम्बन्धमा आवश्यक व्यवस्था गर्ने ।
(छ) नेपाल भित्र तथा बाहिरका विश्वविद्यालय वा शैक्षिक संस्थाहरु बीच छात्रवृत्ति, विद्वत्वृत्ति आदि आदान प्रदान गर्ने सम्बन्धमा आवश्यक व्यवस्था गर्ने ।
(ज) विश्वविद्यालयहरु बीच समन्वय कायम गर्ने ।
(झ) आयोगको काम कारवाहीको वार्षिक प्रतिवेदन नेपाल सरकार समक्ष पेश गर्ने ।
(ञ) आयोगको उद्देश्य पूर्तिका लागि तोकिए बमोजिमका अन्य कामहरु गर्ने ।
(२) आयोगले आवश्यक देखेमा कुनै स्वदेशी वा विदेशी विशेषज्ञ वा सल्लाहकारसंग परामर्श लिन सक्नेछ ।